Les Vénitiens l'ont nommée Spinalonga, mais le nom grec est Kalydon, et l'île n'était pas une île du tout jusqu'à ce que les ingénieurs la séparent de la péninsule de Kolokytha en 1526. Cet acte d'excavation a créé le détroit qu'une excursion en bateau à Spinalonga depuis Plaka traverse encore aujourd'hui, un chenal large d'à peine 400 mètres entre le quai du village et le mur de la forteresse.
Les fortifications ont été érigées en 1579, conçues par Genese Bruno sur les ruines d'une ancienne acropole qui gardait l'entrée du port d'Olous. Vingt-cinq bastions et plates-formes de tir entouraient la roche. Les Ottomans ont assiégé la Crète pendant une génération et ont pris Candie en 1669, pourtant Spinalonga a résisté jusqu'en 1715, l'une des dernières possessions vénitiennes en mer Égée. Des familles ottomanes se sont ensuite installées à l'intérieur des murs, cultivant et commerçant jusqu'au début du XXe siècle, lorsque l'État crétois nouvellement autonome a trouvé une autre utilisation pour la forteresse.
De 1903 à 1957, Spinalonga fut une léproserie, la dernière en Europe. Les patients arrivaient par la porte de Dante, un tunnel bas creusé à travers le rempart côté mer, délibérément aveugle afin que personne ne puisse voir la colonie avant d'y entrer. À l'intérieur, ils ont construit quelque chose d'inattendu : une rue principale avec des boutiques, un cinéma, une église dédiée à Agios Panteleimon, une boulangerie, un hôpital. Epaminondas Remoundakis, un étudiant en droit envoyé sur l'île en 1936, a fondé la Confrérie des Patients et a milité pour des fournitures, des salaires et de la dignité. La colonie a fermé ses portes en 1957, cinq ans après l'arrivée du traitement par sulfone en Grèce. L'île est restée vide pendant des décennies.
Aujourd'hui, les ruines sont un site archéologique du ministère grec de la Culture, et parmi les monuments les plus visités du Lassithi, un statut renforcé par le roman de Victoria Hislop de 2005, L'Île des oubliés, et la série télévisée grecque qui a suivi. La restauration a été continue : consolidation de la maçonnerie sur les bastions vénitiens en demi-lune, réfection des toitures le long de la rue principale, signalisation explicative en grec et en anglais. Ce que les visiteurs découvrent lors des excursions en bateau sur l'île de Spinalonga est donc un site à plusieurs strates plutôt qu'un monument unique — ingénierie militaire vénitienne, architecture domestique ottomane et histoire sociale du XXe siècle empilées sur onze hectares de calcaire.
Les frais de conservation de 20 EUR financent ce travail continu, et ils s'appliquent par personne pour le site archéologique lui-même, indépendamment de toute traversée. Les opérateurs partent de Plaka, Elounda et Agios Nikolaos, et les itinéraires les plus complets du golfe de Mirabello associent la forteresse à la baie de Kolokytha. Quel que soit l'itinéraire choisi par le voyageur, une excursion en bateau à Spinalonga depuis Plaka reste l'approche la plus courte vers les murs, et les billets d'excursion en bateau à Spinalonga depuis Plaka sont parmi les plus demandés en Crète orientale chaque été.
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