I veneziani la chiamarono Spinalonga, ma il nome greco è Kalydon, e l'isola non era affatto un'isola finché gli ingegneri non la separarono dalla penisola di Kolokytha nel 1526. Quell'unico atto di scavo creò lo stretto che un giro in barca a Spinalonga da Plaka attraversa ancora oggi, un canale largo appena 400 metri tra la banchina del villaggio e la cinta muraria della fortezza.
Le fortificazioni arrivarono nel 1579, progettate da Genese Bruno sulle rovine di un'antica acropoli che aveva sorvegliato l'ingresso del porto di Olous. Venticinque bastioni e piattaforme di artiglieria circondavano la roccia. Gli Ottomani assediarono Creta per una generazione e presero Candia nel 1669, eppure Spinalonga resistette fino al 1715, uno degli ultimi possedimenti veneziani nell'Egeo. Le famiglie ottomane si stabilirono poi all'interno delle mura, coltivando e commerciando fino all'inizio del XX secolo, quando lo Stato cretese appena autonomo trovò un altro uso per la fortezza.
Dal 1903 al 1957 Spinalonga fu una colonia di lebbrosi, l'ultima in Europa. I pazienti arrivavano attraverso la Porta di Dante, un basso tunnel scavato attraverso il bastione verso il mare, deliberatamente cieco in modo che nessuno potesse vedere l'insediamento prima di entrarvi. All'interno costruirono qualcosa di inaspettato: una strada principale con negozi, un cinema, una chiesa dedicata ad Agios Panteleimon, un panificio, un ospedale. Epaminondas Remoundakis, uno studente di legge mandato sull'isola nel 1936, fondò la Confraternita dei Pazienti e si batté per ottenere provviste, salari e dignità. La colonia chiuse nel 1957, cinque anni dopo che il trattamento con sulfoni raggiunse la Grecia. L'isola rimase vuota per decenni.
Oggi le rovine sono un sito archeologico del Ministero della Cultura greco e tra i monumenti più visitati del Lasithi, uno status accentuato dal romanzo di Victoria Hislop del 2005, L'ultima isola, e dalla serie televisiva greca che ne seguì. Il restauro è stato continuo: consolidamento della muratura sui bastioni a mezzaluna veneziani, rifacimento dei tetti lungo la strada principale, segnaletica interpretativa in greco e inglese. Ciò che i visitatori incontrano durante i tour in barca sull'isola di Spinalonga è quindi un sito stratificato piuttosto che un unico monumento: ingegneria militare veneziana, architettura domestica ottomana e storia sociale del XX secolo impilate su undici ettari di calcare.
La tassa di conservazione di 20 EUR finanzia tale lavoro continuo e si applica a persona al sito archeologico stesso, separatamente da qualsiasi traversata. Gli operatori partono da Plaka, Elounda e Agios Nikolaos, e gli itinerari più completi del Golfo di Mirabello abbinano la fortezza alla baia di Kolokytha. Qualunque sia il percorso che un viaggiatore sceglie, un giro in barca a Spinalonga da Plaka rimane l'approccio più breve alle mura, e i biglietti per il giro in barca a Spinalonga da Plaka sono tra i più richiesti a Creta orientale ogni estate.
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