Spinalonga n'était pas destinée à être une île. Les ingénieurs vénitiens l'ont séparée de la péninsule de Kolokytha en 1526, coupant un promontoire rocheux pour créer une forteresse défendable gardant l'entrée du port salin peu profond d'Elounda. Les fortifications ont été érigées entre 1579 et 1586 sous la direction de Genese Bressani, suivant les contours du niveau de la mer plutôt qu'un plan symétrique. Trente-cinq bastions et plates-formes de tir entourent le rivage. Lorsque la Crète est tombée aux mains des Ottomans en 1669, Spinalonga a résisté. Elle ne s'est rendue qu'en 1715, étant l'une des dernières possessions vénitiennes en Méditerranée orientale. Un peuplement civil ottoman a suivi, et dès 1834, l'îlot entretenait environ quatre-vingts familles commerçant du sel et des produits de contrebande. Le chapitre qui attire le plus de visiteurs lors d'une excursion en bateau vers Spinalonga depuis Agios Nikolaos a commencé en 1903, lorsque l'État crétois a désigné l'îlot comme léproserie. Les patients arrivaient par un tunnel dans le mur vénitien, connu depuis sous le nom de porte de Dante — un passage qui ne révélait rien de ce qui se trouvait au-delà jusqu'à ce que le marcheur émerge à la lumière du jour. La vie à l'intérieur n'était pas le silence que les étrangers imaginaient. Les résidents ouvraient des magasins le long de la rue principale, dirigeaient un cinéma, imprimaient un journal, élisaient des représentants et se mariaient entre eux. Epaminondas Remoundakis, un étudiant en droit exilé là en 1936, a fondé la Fraternité des patients de Spinalonga et a milité pour des fournitures, de l'électricité et de la dignité. Le traitement antibiotique a atteint la colonie en 1948. Les derniers patients sont partis en 1957 ; un prêtre résident est resté jusqu'en 1962 pour observer les rites de deuil orthodoxes pour les défunts. Aujourd'hui, les ruines sont un site archéologique d'État avec un droit d'entrée de 20 EUR, et parmi les monuments les plus visités du Lassithi. Les travaux de conservation depuis 2015 ont stabilisé la salle de désinfection, le bloc hospitalier et plusieurs maisons en pierre le long de la rue principale voûtée, tout en laissant l'effondrement lisible plutôt que de le restaurer. Le roman de Victoria Hislop de 2005, L'Île des oubliés, et la série télévisée grecque qui a suivi, ont attiré une vague de pèlerins littéraires. La plupart arrivent par la mer depuis Elounda, Plaka ou le front de mer d'Agios Nikolaos, et l'approche compte : les murs de la forteresse se lisent comme une masse unique et ininterrompue jusqu'à ce que le bateau vire à l'est et que la brèche de la porte du port apparaisse. Les opérateurs vendant des billets pour une excursion en bateau vers Spinalonga depuis Agios Nikolaos suivent la même ligne de mire vénitienne, longeant la côte de Mirabello après la baie de Kolokytha avant d'atterrir sous les remparts.