Ihr griechischer Name ist Kalydon; der venezianische Name ist eine Verballhornung von „stin Elounda“, die von Beamten falsch verstanden und niedergeschrieben wurde, als diese 1579 ankamen, um eine Festung auf einem Felsen zu errichten, den die Osmanen nicht einnehmen konnten. Sie waren damit länger erfolgreich, als irgendjemand erwartet hatte. Kreta fiel 1669. Spinalonga hielt bis 1715 stand, ein venezianischer Vorposten, der auf einer von Osmanen besetzten Insel festsaß. Deshalb endet heute jede Bootsfahrt nach Spinalonga unter den Festungsmauern, die das Reich, das sie errichtete, überdauert haben.
Was folgte, ist die Schicht, derentwegen die meisten Besucher kommen. Im Jahr 1903 bestimmte der Kreta-Staat die Insel zur Leprakolonie, und vierundfünfzig Jahre lang beherbergte sie Griechen, die aufgrund ihrer Diagnose verbannt wurden. Sie ergaben sich nicht einfach ihrem Schicksal. Sie bauten eine Hauptstraße mit Geschäften, eine Wäscherei, ein kleines Krankenhaus, eine Art Kino; sie heirateten, hielten Wahlen ab, gaben eine Zeitung heraus und baten Athen um bessere Rationen. Der letzte Patient verließ die Insel 1957. Ein betreuender Priester blieb bis 1962, um den orthodoxen Totengedenkzyklus abzuschließen, wodurch die Insel gleichzeitig leer und unberührt wurde.
Victoria Hislops Roman „Insel der Vergessenen“, veröffentlicht im Jahr 2005, machte diese Geschichte zu einem Massenziel. Anbieter führen heute Bootsfahrten nach Spinalonga ab Heraklion und Bootsfahrten nach Spinalonga ab Hersonissos als ganztägige Küstenausflüge durch, während eine Bootsfahrt nach Spinalonga ab Plaka die Meerenge in etwa acht Minuten vom nächstgelegenen Anlegesteg auf dem Festland überquert. Boote legen auch im Hafen von Agios Nikolaos ab und fahren durch den Golf von Mirabello an Fischfarmen und Salzpfannen vorbei.
Die Struktur ist sehenswert. Besucher passieren das Dantes-Tor, den Tunneleingang, der so gebaut wurde, dass Ankommende nicht sehen konnten, was sie auf der anderen Seite erwartete. Dahinter stehen der Desinfektionsraum, die venezianischen Bastionen von Michiel und Donato, die Kirche Agios Panteleimon und Reihen von dachlosen Häusern mit Türrahmen aus der osmanischen Zeit und Fliesenarbeiten aus den 1930er Jahren nebeneinander. Die Restaurierungsarbeiten unter dem griechischen Kulturministerium gehen weiter, wobei das Mauerwerk eher stabilisiert als wiederaufgebaut wird, damit die Ruinen Ruinen bleiben.
Die Insel ist eine archäologische Stätte mit einer Eintrittsgebühr von 20 EUR pro Erwachsenem, und jede Bootsfahrt nach Spinalonga legt am selben kleinen Kai an, den einst die Verbannten nutzten. Der Stein ist venezianisch, die Erinnerung ist modern, und die Entfernung zwischen beiden beträgt etwa vierhundert Meter offenes Wasser.
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