Ci riuscirono per più tempo di quanto chiunque si aspettasse. Creta cadde nel 1669. Spinalonga resistette fino al 1715, un avamposto veneziano bloccato all'interno di un'isola ottomana; è per questo che oggi ogni gita in barca a Spinalonga termina sotto le mura che sopravvissero all'impero che le innalzò.
Ciò che seguì è lo strato di storia che la maggior parte dei visitatori viene a cercare. Nel 1903 lo Stato cretese designò l'isola come colonia di lebbrosi e, per cinquant'anni, ospitò i greci esiliati a causa della diagnosi. Non si limitarono a sopportare. Costruirono una via principale di negozi, una lavanderia, un piccolo ospedale, una sorta di cinema; si sposarono, tennero elezioni, pubblicarono un giornale e chiesero ad Atene razioni migliori. L'ultimo paziente partì nel 1957. Un prete custode rimase fino al 1962 per completare il ciclo ortodosso di servizi commemorativi per i defunti, motivo per cui l'isola arrivò a essere vuota e intatta allo stesso tempo.
Il romanzo di Victoria Hislop "L'isola", pubblicato nel 2005, ha trasformato quella storia in un itinerario di massa. Gli operatori ora effettuano gite in barca a Spinalonga da Heraklion e gite in barca a Spinalonga da Hersonissos come escursioni costiere di un'intera giornata, mentre una gita in barca a Spinalonga da Plaka attraversa lo stretto in circa otto minuti dal molo più vicino sulla terraferma. Le imbarcazioni partono anche dal porto di Agios Nikolaos, seguendo il Golfo di Mirabello oltre gli allevamenti ittici e le saline.
La struttura dell'isola ripaga l'attenzione. I visitatori attraversano la Porta di Dante, l'ingresso a tunnel costruito in modo che chi arrivava non potesse vedere cosa lo attendeva dall'altra parte. Oltre di esso si trovano la sala di disinfezione, i bastioni veneziani di Michiel e Donato, la chiesa di Agios Panteleimon e file di case senza tetto con telai di porte di epoca ottomana e piastrelle degli anni '30 fianco a fianco. I lavori di restauro continuano sotto il Ministero greco della Cultura, stabilizzando la muratura piuttosto che ricostruirla, affinché le rovine rimangano tali.
L'isola è un sito archeologico con un biglietto d'ingresso di 20 EUR per adulto, e ogni tour in barca a Spinalonga approda allo stesso piccolo molo che gli esuli usavano un tempo. La pietra è veneziana, il ricordo è moderno e la distanza tra i due è di circa quattrocento metri di mare aperto.