Ils y sont parvenus plus longtemps que prévu. La Crète est tombée en 1669. Spinalonga a résisté jusqu'en 1715, avant-poste vénitien échoué au sein d'une île ottomane, raison pour laquelle toute excursion en bateau à Spinalonga se termine aujourd'hui sous des remparts qui ont survécu à l'empire qui les a érigés.
Ce qui a suivi est la strate historique pour laquelle la plupart des visiteurs viennent. En 1903, l'État crétois a désigné l'île comme colonie de lépreux, et pendant cinquante-quatre ans, elle a abrité des Grecs exilés par le diagnostic. Ils ne se sont pas contentés de subir. Ils ont construit une rue principale avec des boutiques, une blanchisserie, un petit hôpital, une sorte de cinéma ; ils se sont mariés, ont tenu des élections, publié un journal et ont adressé des pétitions à Athènes pour obtenir de meilleures rations. Le dernier patient est parti en 1957. Un prêtre gardien est resté jusqu'en 1962 pour achever le cycle orthodoxe des services commémoratifs pour les défunts, ce qui explique comment l'île a pu être vide et intacte à la fois.
Le roman de Victoria Hislop, L'Île des oubliés, publié en 2005, a transformé cette histoire en itinéraire de masse. Les opérateurs proposent désormais une excursion en bateau à Spinalonga depuis Héraklion et une excursion en bateau à Spinalonga depuis Hersonissos sous forme d'excursions côtières à la journée, tandis qu'une excursion en bateau à Spinalonga depuis Plaka traverse le détroit en environ huit minutes depuis la jetée continentale la plus proche. Des bateaux partent également du port d'Agios Nikolaos, longeant le golfe de Mirabello, dépassant les fermes piscicoles et les marais salants.
Le tissu urbain mérite l'attention. Les visiteurs passent par la porte de Dante, l'entrée en tunnel construite pour que les arrivants ne puissent pas voir ce qui les attendait de l'autre côté. Au-delà se trouvent la salle de désinfection, les bastions vénitiens de Michiel et Donato, l'église d'Agios Panteleimon et des rangées de maisons sans toit avec des encadrements de porte de l'époque ottomane et des carrelages des années 1930 côte à côte. Les travaux de restauration se poursuivent sous l'égide du ministère grec de la Culture, stabilisant la maçonnerie plutôt que de la reconstruire, afin que les ruines restent des ruines.
L'île est un site archéologique avec un droit d'entrée de 20 EUR par adulte, et chaque excursion en bateau à Spinalonga accoste au même petit quai utilisé autrefois par les exilés. La pierre est vénitienne, la mémoire est moderne, et la distance entre les deux est d'environ quatre cents mètres d'eau libre.
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